Die infolge einer chronischen Enteropathie auftretende Dysbiose führt häufig zu einer Überwucherung mit mutmaßlichen enteropathogenen Erregern. Daher sollte die Behandlung der zugrundeliegenden Erkrankung (z. B. Ernährungsansätze, Probiotika, fäkale Mikrobiota-Transplantation) mit anschließender Normalisierung der Dysbiose vor dem Einsatz von antimikrobiellen Mitteln Vorrang haben.